（1）高原山地畜禽遗传育种与资源利用

        山地畜禽遗传资源评价、保护，挖掘与利用地方畜禽种质的生长、肉质、矮小、抗逆、脂肪沉积、毛色肤色等优异特色性状基因，畜禽启动子与转录因子互作及表观遗传调控，生物大分子功能及其生物标志物的作用机制，实验动物小型猪培育，定向培育畜禽优良新品种（系）。

（2）高原山地畜禽繁殖与胚胎工程

        山地农用动物生殖生理调控机理，表观遗传重编程与猪体细胞克隆，山羊多胎性状的分子调控机制，肠道生长发育规律与干细胞命运决定、配子发生与早期胚胎发育机制，地方畜禽繁殖调控机理与早熟性状机制，动物胚胎工程，畜禽繁殖调控新技术创新与应用。

（3）高原山地动物遗传与环境

        山地动物起源分化、品种与种群形成、遗传多样性维持机制，环境与基因互作影响畜禽高产优质性状形成机制，喀斯特山地暖湿环境动物优异特色性状形成的遗传机理，胃肠道微生物及其代谢特点，挖掘和利用与动物优良性状相关的重要功能基因。

（4）高原山地水生动物遗传资源保护与繁育

        高原山地水生动物的种质保护与创新利用，种质鉴定，遗传多样性与特色优异基因挖掘，冷水、洞穴鱼类繁殖与育种，经济性状遗传基础，受低氧或低温的信号通路和表达调控机理，肌肉细胞增殖和蛋白/脂肪平衡的作用机理，应激内分泌与生长相互协调及其调控机理。